Un modelo jerárquico es aquel en el que para cada término incluido en el modelo, todos los términos de orden inferior contenidos en dicho término también deben encontrarse en el modelo. Por ejemplo, supongamos que existe un modelo con cuatro factores: A, B, C y D. Si el término A * B * C está en el modelo, entonces los términos A, B, C, A*B, A*C y B*C también deben estar en el modelo, aunque no se requiere que haya términos con D en el modelo. La estructura jerárquica también se aplica a la anidación. Si B (A) está en el modelo, entonces A también debe estar.
Un modelo es no jerárquico si no contiene todos los términos de orden inferior para cada término incluido en el modelo.