Las comparaciones no están disponibles para los términos que contienen o interactúan con factores aleatorios. La anidación es una forma de interacción. Supongamos que el modelo contiene A B C A*B, donde A y C son aleatorios y B es fijo. Puesto que A*B es un término incluido en el modelo, no están disponibles resultados de comparaciones múltiples para B a pesar de que B es un factor fijo. Sin embargo, si el modelo no incluye A*B, sí están disponibles resultados de comparaciones múltiples para B.
Hay un caso especial cuando se trata de un diseño balanceado que incluye dos factores. Supongamos que el modelo contiene A B A*B, donde A es aleatorio y B es fijo. Aunque la interacción A*B está incluida en el modelo, usted puede realizar comparaciones múltiples para B.