¿Es la varianza de la respuesta apropiada para los cálculos de potencia y tamaño de la muestra para ANOVA?

La varianza que es importante en un ANOVA no es la varianza de la respuesta. La varianza importante es la varianza del término de error.

Si un efecto significativo del tratamiento está presente en el modelo, entonces la variación de la respuesta es mucho mayor que la varianza del término de error porque el tratamiento explica parte de la variación en la respuesta.

El cuadrado medio del error es la mejor estimación de la varianza del término de error. El cuadrado medio del error de un estudio piloto normalmente es útil cuando se desea hacer cálculos de potencia y tamaño de la muestra para un ANOVA.