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Un modelo mixto es el que tiene factores fijos y aleatorios. Hay dos formas de este modelo: el modelo restringido requiere los términos cruzados, combinados para sumar cero a los subíndices que corresponden a los efectos fijos y no al otro modelo. Muchos libros de texto utilizan el modelo restringido. La mayoría de los programas estadísticos utilizan el modelo no restringido. Por opción predeterminada, Minitab ajusta el modelo no restringido, pero se puede elegir ajustar la forma restringida. Las razones para elegir una forma del modelo en lugar de la otra no están definidas claramente en la literatura estadística1.

La elección de la forma del modelo no afecta las sumas de los cuadrados, grados de libertad, cuadrados medios o medias marginales o de celda. Pero sí afecta los cuadrados medios esperados, términos de error para las pruebas F y los componentes estimados de la varianza.

1 S.R. Searle, G. Casella y C.E. McCulloch (1992). Componentes de la varianza. John Wiley & Sons.