Bei der Mittelwertanalyse, der grafischen Alternative zur ANOVA, wird die Gleichheit der Mittelwerte einer Grundgesamtheit überprüft. Die Grafik zeigt jeden Mittelwert jeder Faktorstufe, den Gesamtmittelwert und die Entscheidungsgrenzen an. Wenn ein Punkt außerhalb der Entscheidungsgrenzen liegt, liegen Anzeichen dafür vor, dass sich der durch den betreffenden Punkt dargestellte Mittelwert der Faktorstufe signifikant vom Gesamtmittelwert unterscheidet.
Bei der ANOVA wird getestet, ob sich die Behandlungsmittelwerte voneinander unterscheiden. Bei der ANOM wird getestet, ob die Behandlungsmittelwerte vom Gesamtmittelwert (auch als Gesamtmittel bezeichnet) abweichen.
Ein noch wichtigerer Unterschied besteht darin, dass die ANOVA von einer Normalverteilung der vorliegenden Daten ausgeht, während die ANOM mit Daten verwendet werden kann, die einer Normal-, Binomial- oder Poisson-Verteilung folgen.