Für Terme, die Zufallsfaktoren enthalten oder Wechselwirkungen mit diesen aufweisen, sind keine Vergleiche verfügbar. Eine Schachtelung wird als eine Form von Wechselwirkung angesehen. Angenommen, das Modell enthält A B C A*B, wobei sowohl A als auch C Zufallsfaktoren sind und B ein fester Faktor ist. Da A*B ein Term im Modell ist, sind keine Mehrfachvergleichsergebnisse für B verfügbar, obwohl B ein fester Faktor ist. Wenn das Modell jedoch nicht A*B enthält, sind Mehrfachvergleichsergebnisse für B verfügbar.
Einen Sonderfall stellt das balancierte Design mit zwei Faktoren dar. Angenommen, das Modell enthält A B A*B, wobei A ein Zufallsfaktor und B ein fester Faktor ist. Obwohl A*B im Modell enthalten ist, können Sie Mehrfachvergleiche für B durchführen.