Die Varianz, die in einer ANOVA wichtig ist, ist nicht die Varianz der Antwortvariablen. Wichtig ist hier die Varianz des Fehlerterms.
Wenn das Modell einen signifikanten Behandlungseffekt enthält, ist die Streuung der Antwortvariablen weitaus größer als die Varianz des Fehlerterms, da die Behandlung einen Teil der Streuung in der Antwortvariablen erklärt.
Der beste Schätzwert für die Varianz des Fehlerterms ist der mittlere quadrierte Fehler. Zum Berechnen von Trennschärfe und Stichprobenumfang für eine ANOVA eignet sich in der Regel der mittlere quadrierte Fehler aus einer Pilotstudie.