A função Comparações não está disponível para termos que contenham fatores aleatórios ou que interajam com eles. O aninhamento é uma forma de interação. Suponha que o modelo contém A B C A*B, onde A e C são aleatórios, e B é fixo. Como A*B é um termo no modelo, não há resultados de comparação múltipla para B disponíveis, embora B seja um fator fixo. No entanto, se o modelo não incluir A*B, os resultados de comparação múltipla estão disponíveis para B.
Há um caso especial para um experimento balanceado que tem dois fatores. Suponha que o modelo contém A B A*B, onde A é aleatório e B é fixo. Mesmo que A*B esteja no modelo, é possível realizar comparações múltiplas para B.