潜在変数は、分析中に説明変数や応答変数としては含まれていませんが、変数間の関係の解釈に影響する変数です。潜在変数は、誤って変数間に強い関係があることを特定したり、真の関係を隠してしまうことがあります。たとえば、ある研究者が、ダイエットと運動が血圧に及ぼす効果を調べていたとします。ここでの潜在変数とは、被験者の喫煙の有無やストレスの度合いなど、やはり血圧に影響する変数を指します。

統計モデルでは、誤差項はその工程に影響する潜在変数を説明します。潜在変数を見つけるには、データと、工程に影響する重要な変数をよく理解しておく必要があります。また、データをグラフ化して、潜在変数があることを特定する非線形の傾向がないかどうかを確認することもできます。