平均リンケージ法では、2つのクラスター間の距離は、一方のクラスター内の観測値と他方のクラスター内の観測値間の平均距離です。平均距離は、次の距離行列で計算されます。

| 用語 | 説明 |
|---|---|
| dmj | クラスターmとjの距離 |
| m | クラスターkとIから成るマージされたクラスター(m = (k,i)) |
| dkj | クラスターkとjの距離 |
| dlj | クラスターlとjの距離 |
| Nk | クラスターkの観測値数 |
| Nl | クラスターlの観測値数 |
| Nm | クラスターmの観測値数 |
重心リンケージ法では、2つのクラスター間の距離は、クラスター重心間の距離つまり平均値です。距離は、次の距離行列で計算されます。

| 用語 | 説明 |
|---|---|
| dmj | クラスターmとjの距離 |
| m | クラスターkとIから成るマージされたクラスター(m = (k,i)) |
| dkj | クラスターkとjの距離 |
| dlj | クラスターlとjの距離 |
| Nk | クラスターkの観測値数 |
| Nl | クラスターlの観測値数 |
| Nm | クラスターmの観測値数 |
最長距離リンケージ法(最遠隣法とも呼ばれます)では、2つのクラスター間の距離は、一方のクラスター内の観測値と他方のクラスター内の観測値間の最大距離です。最大距離は、次の距離行列で計算されます。
dmj = max (dkj, dlj)
| 用語 | 説明 |
|---|---|
| dmj | クラスターmとjの距離 |
| m | クラスターkとIから成るマージされたクラスター(m = (k,i)) |
| dkj | クラスターkとjの距離 |
| dlj | クラスターlとjの距離 |
類似度連結法を使用する場合、距離は次の距離行列を用いて計算します。

| 用語 | 説明 |
|---|---|
| dmj | クラスターmとjの距離 |
| m | クラスターkとIからなるマージされたクラスター(m = (k,i)) |
| dkj | クラスターkとjの距離 |
| dlj | クラスターlとjの距離 |
中央値結合法では、2つのクラスター間の距離は、一方のクラスター内の観測値と他方のクラスター内の観測値間の中央値距離です。中央値距離は、次の距離行列で計算されます。

| 用語 | 説明 |
|---|---|
| dmj | クラスターmとjの距離 |
| m | クラスターkとIから成るマージされたクラスター(m = (k,i)) |
| dkj | クラスターkとjの距離 |
| dlj | クラスターlとjの距離 |
| dkl | クラスターkとlの距離 |
短連結法(最近隣法とも呼ばれる)では、2つのクラスター間の距離は、一方のクラスター内の観測値と他方のクラスター内の観測値間の最小距離です。観測値が近接している場合、単連結は、チェーンの両端の観測値を隔てる比較的大きい距離値を持つ長いチェーン状のクラスターを識別する傾向があります。
距離は、次の距離行列で計算されます。
dmj = min (dkj, dlj)
| 用語 | 説明 |
|---|---|
| dmj | クラスターmとjの距離 |
| m | クラスターkとIから成るマージされたクラスター(m = (k,i)) |
| dkj | クラスターkとjの距離 |
| dlj | クラスターlとjの距離 |
ウォードのリンケージ法では、2つのクラスター間の距離は、点から重心までの平方偏差の和です。ウォードのリンケージ法の目的は、クラスター内平方和を最小にすることです。距離は、次の距離行列で計算されます。

ウォードのリンケージ法では、2つのクラスター間の距離が、dmax(元の距離行列Dの最大値)より大きくなる可能性があります。この場合、類似度は負になります。
| 用語 | 説明 |
|---|---|
| dmj | クラスターmとjの距離 |
| m | クラスターkとIから成るマージされたクラスター(m = (k,i)) |
| dkj | クラスターkとjの距離 |
| dlj | クラスターlとjの距離 |
| dkl | クラスターkとlの距離 |
| Nj | クラスターjの観測値数 |
| Nk | クラスターkの観測値数 |
| Nl | クラスターlの観測値数 |
| Nm | クラスターmの観測値数 |