安定状態で実行するには実行数が多すぎる場合は、実験に誤差を導入することができます。実験をブロック化して実行すると、ブロック効果(実験条件の差)を因子効果と切り離して個別に推定できるようになります。たとえば、日付、供給業者、原材料のバッチ、機械の作業者、作業シフトなどをブロック化の基準とします。
中心複合計画の場合、直交ブロックの数は、因子数、実行数、選択する計画の一部実施要因に依存します。どの中心複合計画も、要因計画ブロックと軸点ブロックに分けられます。3つ以上の因子があるときは、要因計画ブロックをさらに複数のブロックに分割することもできます。計画を作成する際、条件に合った選択肢が表示されます。
α値と中心点の数によって、回転可能性を備えた計画ができるかどうかと、その計画を直交ブロック化できるかどうかが決まります。デフォルトの計画では、回転可能性と直交ブロック化の両方の特性が、可能な限り実現されます。計画にブロックが含まれていて、両方の特性を持たせることができないときは、デフォルトの計画に直交ブロックが含まれます。