比較は、変量因子を含む項、または交互作用する項では使用不可です。枝分かれは、交互作用の1つです。モデルにA B C A*B(AとCは変量因子、Bは固定因子)が含まれているとします。A*Bはモデル内の項なので、Bが固定因子であっても、使用できるBの多重比較の結果はありません。ただし、モデルにA*Bがない場合はBに多重比較の結果を使用できます。
2つの因子があるバランス型計画に特殊な事例があります。モデルにA B A*B(Aは変量因子、Bは固定因子)が含まれているとします。A*Bがモデルにあっても、Bの多重比較を実行できます。