モデルに2つの因子A、Bおよび、2因子の交互作用A*Bがあると仮定します。Aは変量因子で、Bは固定因子です。
ここで
等式において、の条件付き適合値の計算式は以下になります。
ここで、およびは、固定効果項の対応する係数を表します。また、およびは、ランダム項のBLUP値です。
因子Aの水準iと、因子Bの水準jでのABの平均は以下の通りです。.
ここで、は計算された係数ベクトル、は計算されたBLUPベクトル、およびは、特定の項の平均によって特定される既知のベクトルです。平均を求める計算式は条件付き適合値と同じ形になります。よって、平均の標準誤差、自由度、信頼区間、t値、およびp値は対応する条件付き適合値の計算式として同様に導出します。条件付き適合値の計算式に関する詳細は、混合効果モデルの当てはめにおける条件付き適合値と残差を求める方法と計算式を参照してください。条件付き適合値の計算式において、ベクトルおよびベクトルをベクトルおよびベクトルにそれぞれ置換することで、対応する平均の計算式にすることができます。