Un modèle hiérarchique est un modèle dans lequel, pour tout terme que vous incluez, vous devez également inclure tous les termes d'ordre inférieur qu'il contient. Supposons par exemple un modèle à quatre facteurs : A, B, C et D. Si le terme A * B * C est dans le modèle, les termes A, B, C, A * B, A * C et B * C doivent aussi y être. En revanche, les termes contenant D ne doivent pas forcément être inclus dans le modèle. La structure hiérarchique s'applique également à l'emboîtage. Si B (A) figure dans le modèle, A doit aussi y figurer.
Un modèle est dit non hiérarchique s'il ne contient pas l'ensemble des termes d'ordre inférieur de chaque terme du modèle.