Les comparaisons ne sont pas disponibles pour les termes contenant ou interagissant avec des facteurs aléatoires. L'emboîtement est une forme d'interaction. Supposons que le modèle contient A B C A*B, où A et C sont aléatoires, et B est fixe. A*B étant un terme dans le modèle, aucun résultat de comparaisons multiples pour B n'est disponible, bien que B soit un facteur fixe. Cependant, si le modèle ne comprend pas A*B, les résultats de comparaisons multiples sont disponibles pour B.
Il existe un cas particulier pour un plan équilibré avec deux facteurs. Supposons que le modèle contient A B A*B, où A est aléatoire et B est fixe. Bien que A*B figure dans le modèle, vous pouvez réaliser des comparaisons multiples pour B.